Nach dem 1. Weltkrieg und den auf ihn folgenden Veränderungen wurde am 5. Dezember 1921 die Schweizer Handelskammer in Wien mit dem Ziel gegründet, die Lage Wiens als Handels- und Umschlagplatz mit den Ländern Osteuropas und des Balkans auch nach dem Untergang der Donaumonarchie zu nutzen. Unter den Gründern waren namhafte Vertreter schweizerischer und österreichischer Unternehmen in Wien. Als wichtiger Pionier darf dabei Herr Dr. Joseph Jörger gelten, der bis 1955 die Leitung der Handelskammer inne hatte.
Die Anfangszeit der Kammer war wirtschaftlich schwierig. Erst die Übernahme der Tourismuswerbung ab 1925 brachte der Kammer eine solide finanzielle Basis und sicherte ihre weitere Existenz. Während des 2. Weltkrieges wurden die Schweizer und die Italienische Handelskammer nicht liquidiert und bildeten damit die beiden einzigen, noch im Betrieb bleibenden, ausländischen Handelskammern.
Nach Kriegsende leistete die Schweizer Handelskammer sogar als überhaupt einzige ausländische Handelsvertretung in Österreich ihren wertvollen Beitrag zur Normalisierung und zum Wiederaufbau der multilateralen Handelsbeziehungen.
Nach der Trennung vom Verkehrsbüro und der damit verlorenen Finanzierung und der bevorstehenden Pensionierung von Joseph Jörger schien 1955 das Ende der Kammer nahe. Die Leitung wurde daraufhin Dr. Alfred Wolf und dem Präsidenten Dr. Robert Thyll-Dürr übertragen. Diese beiden Herren reorganisierten durch forcierte Mitgliederwerbung und durch die Verbesserung der Handelsbedingungen nach dem Zustandekommen des Staatsvertrags die Finanzierung und sicherten damit den Fortbestand der Kammer.
Durch ihre beständige Tätigkeit leistete die Schweizer Handelskammer in Österreich einen wesentlichen Beitrag zur Förderung und Intensivierung der schweiz-österreichischen Wirtschaftsbeziehungen. Im Jahr 1973 wurde unter Thyll-Dürr’s Nachfolger Walter Schneider die Mitgliedschaft auch österreichischen Unternehmen ermöglicht.
Ab 1985 leisteten auch die bei österreichischen und schweizerischen Banken eingerichteten Repräsentanzen der Handelskammer Schweiz-Österreich-Liechtenstein einen wesentlichen Beitrag zur immer erfolgreicher werdenden Öffentlichkeitsarbeit.
Unter dem Kammerpräsidenten Jean-Daniel Cornaz (Vetropack Holding) wurde die Kammerstruktur und –organisation modernisiert und an die veränderten Rahmenbedingungen angepasst. In der Amtszeit von Präsident Franz Wipfli (Zürich Versicherung) fand 2002 der offizielle Einbezug Liechtensteins in den Namen und die Aktivitäten der Kammer statt. Diese Dynamik wurde mit der Wahl von Dr. Arthur Wulkan (UBS) als Präsident von 2002 bis 2013 und von Dipl.-Ing. Heinz Felsner (EFH Beteiligung GmbH) als Präsident von 2013 bis 2021 weiter verstärkt und bis heute fortgesetzt. 2021 wurde Dr. Alexander Riklin (ALCAR Holding Gmbh) als neuer Präsident der HKSÖL bestimmt.